Τα Έργα της Συλλογής είχαν αρχικά, στη δεκαετία 1935-1945, φωτογραφηθεί από τον Εμίλ Σεράφ και, πολύ αργότερα το 1988, από τον Πλάτωνα Ριβέλλη.

Τo 1991 το Μουσείο Μπενάκη αποφάσισε να αναλάβει τον σχεδιασμό ενός «Προγράμματος εργασιών» για τις εικόνες της Συλλογής Βελιμέζη. Με την ευθύνη του διευθυντή του, καθηγητή Άγγελου ∆εληβορριά, οργανώθηκε το Πρόγραμμα των απαραίτητων εργασιών, δηλαδή εντοπισμού των εικόνων, των διεσπαρμένων σε μικρότερες ενότητες και συλλογές, για την κατά το δυνατόν πληρέστερη ανασύσταση της αρχικής συλλογής, καθώς και των εργασιών συντήρησης, μελέτης, δημoσίευσης και εκθέσεων από τo Μoυσείo Μπενάκη της αρχικής Συλλoγής Εικόνων Αιμιλίoυ Βελιμέζη. Ταυτόχρονα επιλέχθηκαν οι συνεργάτες.

Το βαρύ έργο της μελέτης και της επιστημονικής τεκμηρίωσης ανέλαβε η καθηγήτρια του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων Νανώ Χατζηδάκη. O Στέργιος Στασινόπουλος, υπεύθυνος των εργαστηρίων συντήρησης του Μουσείου Μπενάκη, επωμίστηκε με τους συνεργάτες του τον καθαρισμό και τη συντήρηση των έργων, ενώ ο Μάκης Σκιαδαρέσης, με τη γνωστή ευαισθησία του, ανέλαβε την οριστική φωτογράφηση όσων εικόνων είχαν μέχρι τότε εντοπισθεί, καθώς και λεπτομερειών τους. Τέλος, ο Χρήστος Φ. Μαργαρίτης κατάρτισε τα οργανωτικά και οικονομικά σχήματα του Προγράμματος.

Η συγκέντρωση των απαραίτητων οικονομικών πόρων πραγματοποιήθηκε με βάση ένα πολυετές πρόγραμμα εξεύρεσης πόρων από χορηγούς, δωρητές και ευεργέτες, φυσικά και κυρίως νομικά πρόσωπα, με την εκ παραλλήλου οργάνωση προγραμμάτων ανταποδοτικότητας (offsets) προς αυτούς.

O σχεδιασμός των επιμέρους εργασιών έγινε με τρόπο, ώστε να μη διαταράσσει την πάγια λειτουργία του Μουσείου Μπενάκη, αλλά ταυτόχρονα να αξιοποιεί την εμπειρία και τις δυνατότητές των στελεχών του σε όλους τους τομείς, με συντονιστές από πλευράς του Μουσείου την αρχαιολόγο Ηλέκτρα Γεωργούλα και από πλευράς όλων των λοιπών διαδικασιών τον Χρήστο Φ. Μαργαρίτη.

Το Πρόγραμμα έχει τεθεί υπό την αιγίδα του Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως, της Προεδρίας της Ελληνικής ∆ημοκρατίας, του Υπουργείου Εξωτερικών και του Υπουργείου Πολιτισμού και Τουρισμού.